Модуль - Законченный логический элемент. Может быть, как и для вывода html кода, так и для вычислений.
Храниться в каталоге: modules
Может состоять из php, js, css, html файлов. Также может внутри себя содержать другие модули.
Подробнее о структуре модуля 

Структура сервера:
 - GC.php - Ядро платформы, обрабатывает модули(страницы, элементы на страницах).
 - GCF.php - Библиотека с дополнительными функциями.
 - config.php - Конфигурация сайта, данные от БД, список страниц, мета данные...
 - modules/ - Папка со всеми модулями сайта.
 - modules/template - Шаблон для всех страниц.
 - modules/_admin - Модуль админ страницы.